Hârtia de ambalaj este un material poros; structura sa fundamentală constă din fibre vegetale și aditivi auxiliari, dându-i proprietăți hidrofile puternice. Când este expusă la umiditate, hârtia suferă deformare; în cazuri severe, poate dezvolta pete de mucegai, iar în timpul depozitării, este predispus la decolorare și la o reducere a rezistenței la tracțiune.
Depozitele de depozitare trebuie menținute uscate, iar nivelurile de umiditate din mediu trebuie controlate cu strictețe. Când stivuiți hârtie, aceasta trebuie ridicată folosind traverse de lemn-poziționate la aproximativ 25 mm deasupra podelei-și ținute la distanță de pereți. Între paleți trebuie menținute spații importante pentru a facilita o ventilație adecvată. Odată stivuite, hârtia și paleții ar trebui să fie bine împachetate împreună cu folie extensibilă. Inventarul trebuie inspectat periodic-acordând o atenție deosebită stării de la-majoritatea paleților{-și trebuie respectat cu strictețe principiul „Primul-intrat, primul-ieșit” (FIFO) pentru a preveni deteriorarea hârtiei cauzată de depozitarea prelungită. În timpul utilizării-în special după tăiere sau în timpul procesului de imprimare-orice resturi de hârtie rămase sau material neutilizat trebuie să fie imediat învelite în folie extensibilă pentru a le proteja de umiditate.
Atunci când transportați articole fragile, hârtia mototolită de ambalaj poate fi utilizată ca material de umplere-goal pentru a ocupa spațiile goale din containerul de transport, prevenind astfel mutarea articolului și zgârieturile la suprafață [16]. Cutiile de carton construite din hârtie de ambalaj necesită, de asemenea, protecție împotriva umezelii; în plus, având în vedere punctul lor scăzut de aprindere, în timpul depozitării trebuie respectate măsuri speciale de siguranță la incendiu. Cutiile de carton destinate ambalajelor alimentare nu trebuie refolosite, deoarece acest lucru riscă proliferarea bacteriilor și compromite siguranța alimentară.